吴淞海关辖区内进出口申报货物的通关业务，关税及其他税费征收；检验检疫证书、原产地证书的签证；国外海关查询的调查和复函；转关、国际中转、改配、落装、逾期货处理等业务办理；宝山属地纳税人管理、减免税货物等业务办理;进口货物放行确认;进出境周转空集装箱的登记备案;进口分拨货物的整箱申报、核放手续；国际邮包进出境放行手续；出口货物落装申请的审批。

德祥集装箱监管站海关监管作业场所的日常管理；进口货物查验、卫生检疫、危险化学品检验等。

上远、新贸海、泛成集装箱监管站海关监管作业场所的日常管理;进口货物查验、卫生检疫等；新贸海仓库（蕰川路1809号）属地货物的目的地事中查检工作。

张华浜码头、军工路码头海关监管作业场所的日常管理；张华浜码头、军工路码头，吴淞锚地进出口货物查验、卫生检疫、出口货物放行确认等；华海仓库金属类属地货物的目的地事中查检工作。

罗泾钢杂件码头、宝钢码头、石洞口**及第二电厂燃煤码头海关监管作业场所的日常管理；进出口货物查验、卫生检疫、出口货物放行确认等；上海国际港务集团罗泾公用型保税仓库进出库货物查检工作。

吴淞海关辖区内属地出口特珠物品、食品、化妆品、动植物产品、工业品（含危险化学品)电子底帐数据的查验和评定;出口危险货物包装性能签定和使用签定；进口货物目的地事中查验(海关监管区内、华海查验点、新贸海仓库实施目的地事中查验的货物除外）；出口双边协议国家商品装运前检验监装；集装箱适载检验监管；上海东浩物流公用型保稅仓库、上海中商兴盛公用型保税仓库、上海罗森宝公用型保税仓库进出库货物查检工作；宝山太平新造集装箱堆场、中集宝伟新造集装箱堆场的进出口货物查检工作。

吴淞海关辖区内进出口企业、报关企业的备案登记，交更、注销等资质管理；承运海关监管货物的运输企业及车辆备案;进出口企业涉及的行政许可、注册备案；加工贸易企业备案、核销及其他管理工作；保税监管场所及其货物的监管工作。

上海海关关区内进出口企业、报关企业的贸易调查、专项稽查工作。

吴淞海关辖区内核查工作、出境动植物检疫处理监管工作。

上海海关关区内进出口企业、报关企业的专项稽查、上海海关关区通关一体化稽（核）查、上海海关关区主动披露业务。

上海海关关区内进出口企业、报关企业的专项稽查、上海海关关区通关一体化稽（核）查。

上海海关关区内进出口企业、报关企业的专项稽查、上海海关关区通关一体化稽（核）查、上海海关关区主动披露业务。

上海海关关区内进出口企业、报关企业的专项稽查、上海海关关区通关一体化稽（核）查。

吴淞海关辖区内进出境国际航行船舶、国际国内兼营船舶及船舶服务人员携带物品的查验监管；国际航行船舶的卫生检疫、卫生监督、突发公共卫生事件的应急处置和检疫处理监管；口岸传染病的监测与控制、供船食品企业行政许可的现场审核与日常监管。

吴淞海关辖区内一般案件移送、两简案件处理、行政处罚的审核和决定；稽核查、主动披露案件的审核；稽查执法监督；签发案件法律文书；承担行政复议、行政应诉、行政协查、依申请公开等工作。